Im August 1614 marschierten würzburgische Truppen durch die Stadt. In den Jahren 1621/22 wurde Herzogenaurach erstmals zur Kasse gebeten, als katholische Truppen im Beisein des hiesigen Amtmanns und „deroselben Kapitän und Befehlshaber" (mit dem Anführer der anwesenden Truppen) für über drei Gulden Wein „verzehrt" haben. Wesentlich kostspieliger war die Musterung durch einen fremden Kastner („Finanzer"). Sie kostete die Stadt mehr als 13 Gulden.
Nachdem 1627 „etliche Bürger und 12 Musketiere" zum Schutz des Pfarrers beim Flur Umritt an Christi Himmelfahrt abgestellt und immer wieder Pulver und Blei aus der 30 Kilometer entfernten Festungsstadt Forchheim herbeigeschafft werden mussten, stand die Stadt 1628/29 vor dem finanziellen Ruin. Nicht nur die Zahl der Überfälle, auch die der durchziehenden Obdachlosen und Bettler nahm ständig zu und die Stadtkasse musste wiederholt Geld ausleihen, damit Geld an die Kriegsgeschwächten gezahlt werden konnte.
1631 wurden schwedische Einquartierungen ins bambergische Amt Herzogenaurach gelegt und am 19. November plünderten markgräfliche Musketiere Niederndorf. Doch das Schlimmste stand der Stadt noch bevor, und zwar im Jahr 1632. Bereits am 12. Februar rückten evangelische Truppen unter Markgraf Hanns Georg in Herzogenaurach ein, doch bereits einen Monat später gewannen katholische Truppen unter ihrem Führer, General Tilly den Aurachgrund zurück.
Am 12. Mai 1632 bliesen die Wachen vom Schlossturm und verkündeten das Nahen feindlicher Truppen. Frauen und Kinder flüchteten in die Kirche , um im Gebet Zuflucht zu suchen und durch inständige Bitten und Gebete die Gefahr abzuwenden. Wackere Bürger luden ihre Musketen und verrammelten die Stadttore, mussten aber bald erkennen, dass sie zu wenige waren, die anrennenden Truppen in Schach zu halten. Wer von der männlichen Bevölkerung sich nicht in Sicherheit bringen konnte, wurde erschossen und ebenso erging es 50 Männern, die bei Hausdurchsuchungen entdeckt worden waren. Ein großer Teil der Bevölkerung floh nach Nürnberg und wurde dort aufgenommen. Die Stadt Herzogenaurach aber wurde vollständig geplündert.
Am 31. Mai wurden Büchenbach, Reinersdorf und Obermembach niedergebrannt und der Seebachgrund verwüstet. Mitte August 1632 marschierte eine schwedische Armee mit 30 000 Soldaten und 90 Geschützen über Neustadt/Aisch nach Herzogenaurach. Am 26. August 1632 nahm der schwedische General Baner die Stadt ein - der Pfarrer und „etliche Manns- und Weibspersonen" sprangen über die Mauern und suchten Heil und Sicherheit in der Festungsstadt Forchheim. Vier Wochen lang wurde das Land geschunden, außerdem wütete die Pest drei Jahre lang in unserer Gegend und die Pfarrstellen in Büchenbach und Herzogenaurach blieben drei Jahre lang unbesetzt.
In Herzogenaurach haben sich seit jener grauenvollen Zeit folgende Reime erhalten:
„Die Schweden sen kumma, ham alles mitgnumma,
ham Fenster neigschlogn und Blei davo(n) trogn;
ham Kugel draus gossen
und die Leut mit derschossen." Klaus-Peter Gäbelein